제자훈련을 시작하면 기본적인 가정생활, 교회생활, 심지어 직장생활의 리듬까지 확 바뀌게 된다. 특히 가정에서는 틈나는 대로 설교요약, 성경읽기, QT, 경건생활, 과제물 등 하루 종일 준비하기에 바쁜 일정을 소화하지 않으면 훈련을 제대로 받을 수가 없다. 따라서 배우자에 대해서, 자녀를 돌보는 일에 대해서 아무래도 소홀할 수밖에 없다.

특히 남자 제자반보다 여자 제자반의 경우, 매주 정기적으로 훈련에 참여하는 시간에 제약을 받고 부담스러워하는 경우가 많다. 예를 들면 자녀를 둔 자모들은 아이들이 유치원이나 초등학교 저학년인 경우, 소풍이나 학원, 또는 학교에 가야 할 때가 많다. 이런 일정이 훈련과 겹치게 되면 부득이 아이들을 돌보지 못함으로 결국, 부부간의 갈등으로 비화되는 경우가 있다.
제자훈련이 시작되면 교재 중심의 훈련이 기본이 되어야 함은 물론이다. 그러나 부부 사랑 회복, 자녀 교육, 부모 공경에 대한 가르침을 통해 가정 사역에 관심을 갖게 해야 한다. 제자훈련 이후 예전과 달리 변화된 모습을 배우자로 하여금 평상시 삶을 통해 느낄 수 있도록 지도자는 꾸준한 노력과 관심을 기울일 필요가 있다.
가끔 전해들은 이야기에 의하면 불신 남편들로부터 “당신이 제자훈련 받고 너무나 달라졌다”면서 오히려 제자훈련 가는 날을 챙겨 주고, 차까지 태워 주는 사례도 있다고 한다. 한편으로는 “제자훈련 받으면서 그렇게 밖에 할 수 없느냐?”라는 부담스러운 반응 때문에 힘들어도 참아야 하고, ...