아브라함 카이퍼의 영역주권에 의하면 교회, 가정, 학교 및 다양한 사회기관은 그 영역별로 시스템을 가지고 있다. 교회는 교회대로, 가정은 가정대로, 학교는 학교대로의 일반적인 규정이 존재하며, 하나님의 주권 아래 세워진다. 그러나 각 기관이나 영역마다 역시 갈등과 문제들도 다양하게 존재한다.
특히 교회에서 훈련받고 성장하는 성도들의 가정에서 일어나는 문제들은 교회의 다양한 사역에도 영향을 미칠 수 있다. 제자훈련은 각 성도 개인의 신앙성장에 관한 것이라고 여겨지는 경우가 많았다. 성도 개인의 신앙이 진리의 말씀 위에 든든히 세워질 때 교회는 건강하게 성장할 수밖에 없기 때문이다.
그러나 현대는 개인의 문제가 내부적인 이유로만 말미암은 것이 아니라, 가족관계, 가정병리환경 등을 통해 기인되고 있다는 연구가 늘고 있다. 즉, 개인의 신앙성장은 단지 그 개인을 향한 성경공부와 적용만으로는 이루어지기 힘들다는 것이다. 그 개인을 둘러싸고 있는 가정의 문제가 크게 작용한다는 것이다. 가정의 문제는 종교문제, 성문제, 재정문제, 아내와 남편의 역할갈등, 의사소통문제 등 다양한 형태를 띠고 있다.

제자훈련에 들어오는 훈련생들 중에서도 가정이 파괴되거나 흔들리는 가정이 많다. 이혼 위기의 부부, 대화가 단절된 부부, 자녀문제를 내려놓지 못해 전전긍긍하는 부모, 고부 간의 갈등이 심각한 경우, 불신남편을 둔 아내 등 온갖 가정문제가 제자훈련을 받으며 말씀 앞에서 새롭게 되는 간증이 많다. 이와 같이 훈련을 통해 가정이 새롭게 되는 경우는 제자훈련의 바른 성과라고 할 수 있다...